● ストーリー進行　ゲートキーパー（ＭＡＰ数：３〜４） 内容： 主人公の能力の発現。 東京を舞台にした密かな戦い。 設定や世界観などの紹介。 分岐： ほとんどルート分岐なし。 仲間： 未参加。主人公のみ。 戦闘： 難易度低し。

● 点と点とを結ぶもの（ＭＡＰ数：１０〜１１） 内容： 仲間のゲートキーパー確保の戦い。 女の子たちとの出会い。 敵（イントルーダー）の攻撃が激化していく。 日本中を股にかけた戦い。 分岐： 作戦の選択により、大幅な分岐あり。 それによって、仲間にできる女の子の顔ぶれも変わって来る。 １回のプレイでは、全員を仲間にすることは不可能。 仲間： この第２部で仲間が揃う。 戦闘： ＭＡＰの選択によって難易度は変わる。 基本的に、ゲート能力をうまく使わないと苦しくなって来る。

● 激闘の向こう側（ＭＡＰ数：１４〜１５） 内容： 敵の真の目的などが、じょじょに明らかになって行く。 女の子たちとのコミュニケーション。 激しさを増す戦い。 自らの戦いに疑問を持ち始める主人公。人類の行く末。 分岐： 作戦の選択により、大幅な分岐あり。 同一ＭＡＰであっても、仲間の選択によって内容が変わる。 戦闘のやり方で、女の子の感情値が大幅に変わる。 仲間： 特に出入りなし。 感情値の変化のみ。 戦闘： ＭＡＰの選択によって、難易度は大幅に変わる。 仲間と協力しないと勝てない。 ゲートを使わないと、決して勝てないバランス。 敵は大群の場合と、少数の場合と、両極端にしたい。 レベル次第で、そろそろ使えなくなるキャラが出ても可。

● あらゆる未来のために（ＭＡＰ数：３〜４） 内容： 敵との最終決戦。 万博会場の地下に完成しつつある、悪の人間牧場。 捕らえられるヒロイン（いちばん相性値の高いキャラ）。 裏切る女の子（いつばん相性値の悪いキャラ）。 地球の命運を賭けた戦い。 分岐： 基本的に一本道。 ただし、ヒロインとの相性値などで、セリフが変わる。 （エピローグも変わって来る） 仲間： 相性値の最も高い女の子が使用不能に（誘拐される）。 相性値の最も低い女の子が敵側に寝返る。 戦闘： かなり厳しいバランスでＯＫ。 自分の腕を信じろ。

● エピローグ（女の子の人数分だけ） 最終決戦の後日談。 バックに流れるのは『思い出の渚』。 普通の生活に戻る主人公。 ＰＡＲＴ２の現代編（１９９９年？）へつながるフックあり。